O Mestrado Acadêmico em Fisioterapia, na forma associativa entre os cursos de Fisioterapia da UFTM e UFU, tem como principal objetivo suprir a crescente necessidade de ampliação no desenvolvimento de projetos de pesquisa,  além da formação de docentes e pesquisadores de excelência na área da Fisioterapia. Dentro das linhas de pesquisa, propõe investigar aspectos relacionados à avaliação funcional, bem como planejamento de ações de promoção, prevenção e intervenção fisioterapêutica nos sistemas musculoesquelético, cardiorrespiratório e neurológico.